У заоставштини Паје Јовановића се налази више скица портрета краљице Марије, што сведочи о студиозним припремама уметника за израду ове репрезентативне слике. Платно је чувано у његовом атељеу у Бечу до 1952, када је донето у Београд. Пандан овом је портрет краља Александра Карађорђевића, а оба су настала после венчања принцезе Марије Хоенцолерн, кћерке румунског краља Фердинанда I, и краља Александра, обављеног 1922. године.
Јовановић је краља Александра и краљицу Марију Карађорђевић сликао неколико пута, правио је више скица у оловци, а краљичин лик узео као ликовно решење за новчаницу Краљевине Југославије од 1.000 динара из 1931. године.
Својим портретима Јовановић је достигао врхунска остварења у поетици академског реализма, по којима је признат и ван граница Европе.
Монументална историјска композиција, једна од најпознатијих дела Паје Јовановића, настала је по наруџбини Краљевине Србије за Светску изложбу у Паризу 1900. године. Тема је била крунисање Душана за цара Срба, Грка и Бугара у Скопљу, 14. априла 1346. године. Намера да се ликовним језиком испоље сећања на значајан историјски моменат којим се потврђивала величина српског средњовековног царства савршено је одговарала политичким амбицијама обновљене Краљевине Србије.
На слици је приказан Душан са породицом и деспот Оливер који чита повељу, окружен племићима и властелинима у средњовековним одеждама. Назив Крунисање цара Душана средином прошлог века преименован је у Проглашење Душановог законика али су се поједини историчари уметности вратили првобитном називу. Стога се у литератури често наилази на употребу оба наслова.
Тема Парсифала је у више наврата и на више различитих начина инспирисала Пају Јовановића, о чему сведочи већи број сачуваних слика и цртежа. Преузета је из другог чина истоимене опере Рихарда Вагнера, када Парсифал борави у зачараном врту злог чаробњака. Овај део односи се на тумачење сукоба између врлине и порока. Парсифал је главни актер сцене који својим оштрим покретом представља снагу и одлучност наспрам моћи изазова сензуалних женских тела која га окружују. Оваквим решењем Вагнеријански драмски сукоб, заснован на идеји моћи владања над самим собом, јасно је наглашен.
На литографији испод слике оригиналан натпис композиције "In Feenland" i "P. Joanowitch - Verlag von J. Lowy, Wien, 1906.god.
Почетком 1944., у свом атељеу у окупираном Београду, Паја Јовановић слика портрет знаменитог српског научника и академика Милутина Миланковића. Током ратних година Другог светског рата дружење између Миланковића и Јовановића прерасло је у блиско пријатељство. Захваљујући њиховој, каснијој, узајамној преписци, посебно у годинама када је овај научник светског гласа и угледа обављао дужност потпредседника САНУ, данас се могу поуздано пратити последње године Пајиног живота и рада.
Паја Јовановић је у зиму 1947. у 88-ој години живота прихватио позив Јосипа Броза Тита да заједно са групом уметника у двору на Дедињу наслика његов портрет. То занимљиво искуство описао је у својим забелешкама. Наиме, док је Тито стрпљиво позирао уметницима, он је, „стојећи далеко иза других радио само цртеже и „мале скице“, зато што су положај Маршала као и осветљење са те тачке посматрања били лоши. Тек је касније у миру свог атељеа на основу њих извео неколико портрета.
За настанак ове композиције, према Јовановићевој аутобиографији, заслужан је један спонтани догађај који се одиграо током његовог боравка код куће у Вршцу за време распуста 1882. када им је у госте дошао под пуном ратном опремом комшија Мита. Пајин брат Александар - Шандор исукао је Митин јатаган и почео њиме да витла по соби, у трену када се брижни Мита нагнуо над дечаком да му из руку узме оружје у Паји се родила идеја за нову слику. “Сачињавали су тако лепу скулптурно узвишену групу, да сам сав усхићен зграбио палету да поченем живим потезима да фискирам на платну то што сам пред собом угледао.” Била је то инспирација за једну од његових најпознатијих композиција, названој Мачевање или Први час, која ће му донети много похвала, награда и велики број поруџбина.
Три човека у источњачким оделима задубљени у једну игру, врсту коцкања. Поред њих на сточићу су наргиле. Нацртано је на најпростијем папиру и извучени су квадрати због преношења и повећања.
Пресудну улогу на уметниковом путу славе одиграо је галериста Томас Волис власник лондонске галерије слика „Френч“. Он је при првом сусрету са младим Јовановићем, још учеником, откупио његову слику и понудио му уговор уз добру цену за даљу израду композиција са оријенталним темама. Од тога тренутка па током читаве наредне деценије Паја је путовао по разним крајевима Балкана и Оријента правећи студије и бележећи различите обичаје, ликове и народна одела које је потом уносио у неку од својих сложено замишљених жанр композиција. Скоро свака од ових слика позната је под неколико различитих, више или мање сродних наслова. До тога је долазило стога што Јовановић није давао називе својим радовима, убеђен да је слаба она слика за коју аутор мора да објашњава шта представља.
Лист из свеске за скицирање. Скица је рађена за религиозну композицију Свети Ђорђе убија аждају. Паја Јовановић је током двадестих и тридесетих година XX века све чешће и дуже боравио у новоствореној држави Срба, Хрвата и Словенаца, посебно у Београду. Он је био радо виђена и поштована личност на двору Карађорђевића за које је тих година урадио већи број поруџбина. Око 1927. када су вођени разговори око украшавања капеле новог двора на Дедињу понуђено му је да наслика композицију Светог Ђорђа на коњу, која је неколико година потом послужила као предложак за израду мозаика над улазним вратима Маузолеја на Оплeнцу.
Захваљујући изванредној хелиогравури начињеној према изгубљеној слици Furor Teutonicus, или Битка у Теутобуршкој шуми, може се сагледати савршенство Паје Јовановића. Монументална композиција израђена у уљу 1899. године, површине 24 квадратна метра, била је апотеоза германске освајачке моћи. Оваква репрезентативна композиција из историје Германа, истинско ремек дело академског реалистичког сликарства, донело уметнику низ значајних светских награда, али јој се после златне медаље у Салцбургу 1909. губи даљи траг.
Као и за већину европских сликара реализма, стварати као реалиста за Пају је значило верно до детаља тачно цртање одабраног лика, предмета, ентеријера или предела из стварности. Уколико је одабрани догађај био из историје, уметник је прво пажљиво проучавао све изворе, документа и описе. Потом је урадио студије ентеријера или екстеријера, костима и оружја, а када је то било могуће по моделима у атељу или на терену, студирао је типове, одређене покрете и тек је онда приступито уобличавању композиције.
Портрет цара Ф.Јосифа до колена. Седи у позлаћеној стилској фотељи, у полупрофилу. Руке држи склопљене међу коленима. Читљива сигнатура на слици: "Paul Joanovitch Wien 1912". Испод отиска лево аустријски двоглави орао и факсимил царевог потписа. Испод отиска: "Verlag S.Leben, Wien", десно: "Blechinger und Leykauf, Wien, Hel.und.imp.".
Популарна историјска композиција Сеоба Срба, I варијанта. На овој композицији на десној страни представљен је народ - жене, деца, у колима са арњевима и стоком коју гоне испред себе. На примедбу патријарха Георгија Бранковића овај детаљ је измењен у коначној верзији слике, да би се добио утисак наступања организоване војне и народне масе, а не збега.